TCGA下载工具GDC Data Transfer Tool在Linux服务器的下载安装以及使用的...
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为了从TCGA获取数据，使用GDC Data Transfer Tool是Linux服务器的理想选择。本文将简明介绍该工具的下载、安装和使用方法。
首先，访问GDC Data Transfer Tool官网（cancer.gov）下载Linux版的GDC Data Transfer Tool。推荐下载最新版本，即gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x，日期为2023年9月26日。
在Linux服务器的终端中，输入以下命令以下载压缩包：
如果下载速度慢，考虑在Windows系统上使用魔法工具下载该压缩包，然后通过winscp将其传输至Linux服务器。
下载后，在服务器上解压压缩包。新建一个英文名的文件夹，将压缩包移动至该文件夹中，然后进入文件夹解压，解压后会出现一个gdc-client文件。
验证安装是否成功，在gdc-client文件所在的文件夹中输入以下命令：
如果显示成功信息，说明安装已成功。
接着，在TCGA的cart中下载manifest文件。将所需文件添加到cart中后，在cart界面中，点击manifest文件的下载选项。manifest文件记录了要在服务器上下载的文件列表。
使用winscp将manifest文件导入服务器。在gdc-client文件所在的文件夹下运行以下命令以开始下载：
下载过程可能需要一段时间，请耐心等待。完成后，数据将存储在服务器上。
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为了从TCGA获取数据，使用GDC Data Transfer Tool是Linux服务器的理想选择。本文将简明介绍该工具的下载、安装和使用方法。
首先，访问GDC Data Transfer Tool官网（cancer.gov）下载Linux版的GDC Data Transfer Tool。推荐下载最新版本，即gdc-client_v1.6.1_Ubuntu_x，日期为2023年9月26日。
在Linux服务器的终端中，输入以下命令以下载压缩包：
如果下载速度慢，考虑在Windows系统上使用魔法工具下载该压缩包，然后通过winscp将其传输至Linux服务器。
下载后，在服务器上解压压缩包。新建一个英文名的文件夹，将压缩包移动至该文件夹中，然后进入文件夹解压，解压后会出现一个gdc-client文件。
验证安装是否成功，在gdc-client文件所在的文件夹中输入以下命令：
如果显示成功信息，说明安装已成功。
接着，在TCGA的cart中下载manifest文件。将所需文件添加到cart中后，在cart界面中，点击manifest文件的下载选项。manifest文件记录了要在服务器上下载的文件列表。
使用winscp将manifest文件导入服务器。在gdc-client文件所在的文件夹下运行以下命令以开始下载：
下载过程可能需要一段时间，请耐心等待。完成后，数据将存储在服务器上。
