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A、培养的植物细胞全能性的表达,在不同植物种类之间,甚至在同种植物的不同基因型之间都有很大的差别,故A正确;
B、原生质体有本物种全套遗传物质,所以具有全能性,可经组织培养得到植株,故B正确;
C、在个体水平上,可以筛选抗盐的植物新品种,即在培养基中加入一定浓度的NaCl溶液,故C正确;
D、同一株绿色开花植物不同组织的细胞经过培养获得的愈伤组织的基因型不一定相同,如花粉细胞和体细胞培养形成的个体的基因型不同,故D错误.
故选D.