对转录组测序数据怎么找转录起始位点
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发布时间：2022-04-24 13:27
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热心网友
时间：2023-10-14 10:16
采用新一代高通量测序技术Illumina HiSeq 2000对鸟巢蕨转录组（Asplenium nis）进行测
序，共获得29 254 595个序列读取片段（reads），包含了5 908 586 517个碱基序列（bp）信息。对reads
进行序列组装，共获得42 907个单基因簇（Unigene），平均长度936 bp，序列信息达到了40.16 Mb。数
据库中的序列同源性比较表明，24 993个Unigene与其他物种的已知基因具有不同程度的同源性。鸟巢蕨
转录组中的Unigene根据GO功能大致可分为细胞组分、分子功能和生物学过程3大类51个分支，其中
有大量的Unigene与代谢进程、结合活性、催化活性和细胞进程相关。将Unigene与COG数据库进行比
对，根据其功能大致可分为24类。KEGG数据库作为参考，依据代谢途径可将Unigene定位到116个代
谢途径分支。SSR位点查找发现，从42 907个Unigene*找到6 067个SSR位点。SSR不同重复基序
类型中，出现频率最高的为AG/CT，其次是AC/GT、A/T和AGG/CCT。针对这些序列，设计了20对引
物进行了扩增效率和多态性检测，其中7对引物在不同蕨类材料中表现出多态性。
热心网友
时间：2023-10-14 10:17
看自做物种没基组序列NCBI先找自要做基找基组序列做blast基组选取游概依000碱基用软件析般找转录起始位点转录起始位点启位置没基组序列比较麻烦需要用染色体位移技术先克隆哪序列用软件做析用软件析需要用实验验证才能完全确定需要转录起始位
