临床数据需要共享+可以放在哪些公共数据库?
发布网友
共2个回答
懂视网
RNA-seq 测序可以用于融合基因的发现，在过去的十几年里，RNA-seq 测序数据不断增加，发现的融合基因的数据也不断增加；
FusionCancer 是一个人类癌症相关的融合基因的数据库，利用NCBI SRA数据库中的RNA-seq 数据，采用tophat-fusion, soap-fusion, fusionmap, chimerascan 4款预测融合基因的软件进行预测；
网址如下：
http://donglab.ecnu.edu.cn/databases/FusionCancer/
点击 Borwse DB 按钮，首先浏览下数据库中的记录
DataBase ID : 对于每条融合基因的记录，都会给出一个唯一的ID,以FUSC开头，后面加数字；
Head Gene : 生成融合基因的第一个的基因
Head Breakpoint : 融合基因的连接点在第一个基因上的位置
Tail Gene : 生成融合基因的第二个基因
Tail Breakpoint : 融合基因的连接点在第二个基因上的位置
CanCer Type: 对应的癌症类型
SRA : 原始数据在SRA 数据库中的编号
Detail : 融合基因的详细信息；
以第一条为例，点击Fusion detail，详细信息如下
在详细信息界面中，还会给出breakpoint 在基因的内含子区还是外显子区，预测到该融合基因的 软件；支持的Reads 数，
点击最下方的链接，还可以得到融合基因的序列。对于上述的融合基因，其转录本序列如下：
对于融合基因而言，最直接的结果只是检测到了两个基因的连接处，breakpoint , 其实是不能够直接确定融合转录本的全长序列的，这个是二代测序相比三代测序的一个劣势；
这里给出的序列其实是两个基因所有转录本的组合，可以看到断点都是一样的
总结：
对于融合基因的检测而言，二代测序存在以下缺点：
1）只能给出有无该融合基因，而且检测到的融合基因还存在假阳性；
2）没有具体的融合转录本的序列，没有融合基因的直接证据；
三代测序由于其读长的优势，在融合基因的检测上有着先天的优势；
FusionCancer 数据库可以看做二代测序在融合基因检测方面的集大成之作，首先用了4款软件进行预测，通过数据库，可以筛选出4种软件都预测得到的融合基因，可以降低假阳性率；其次给出了可能的融合转录本序列，方面后续的RT-PCR验证；
FusionCancer-人类癌症相关的融合基因的数据库
标签：编号 seq 详细信息 map 筛选 链接 利用 详细 2-2
热心网友
摘要一、临床数据库01 NCDB 网址：https://www.facs.org/quality-programs/cancer/ncdb 美国国家癌症数据库(National Cancer Database, NCDB)是经国家认证的，由美国外科医师学会和美国癌症学会联合组建的，它是一个基于医院登记数据的临床肿瘤学数据库，来源于超过1500多个癌症委员会认证的机构。NCDB数据库可用于分析和跟踪恶性肿瘤患者的治疗过程和结局。数据库代表了全美超过70%的新诊断癌症病例和超过三千四百万个历史记录。 02 SEER 网址：https://seer.cancer.gov/SEER(Surveillance, Epidemiology, and EndResults Program)是美国癌症统计的权威来源。SEER数据库可提供癌症统计信息，以减轻美国人口中的癌症负担。SEER数据库由美国国家癌症研究所(National Cancer Institute,NCI)癌症控制和人口科学部(Division of Cancer Control andPopulation Sciences, DCCPS)的监视研究项目(SurveillanceResearch Program, SRP)提供支持。03 TCGA 网址：https://cancergenome.nih.gov/美国癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)是由美国国家癌症研究所(National Cancer Institute, NCI)和国家人类基因组研究所(NationalHuman Genome Research Institute, NHGRI)合作开发的，目前它包含了33种癌症的数据，每种癌症都涉及关键基因组变化的全面、*的图谱。TCGA数据库储存有2.5PB的数据，对超过1.1万多名患者的肿瘤组织及配对正常组织进行描述，目前已被广泛应用于研究领域。这些数据已为研究人员进行的癌症研究或者TCGA研究网络出版物做出了超过1千多项的贡献。在TCGA中直接下载数据的方法较为繁琐，但是有多个网站提供TCGA数据(包括表达和临床等)完善的整理，以下是其中整理最为完整和可靠的：GDAC: http://gdac.broadi咨询记录 · 回答于2021-10-23临床数据需要共享+可以放在哪些公共数据库?一、临床数据库01 NCDB 网址：https://www.facs.org/quality-programs/cancer/ncdb 美国国家癌症数据库(National Cancer Database, NCDB)是经国家认证的，由美国外科医师学会和美国癌症学会联合组建的，它是一个基于医院登记数据的临床肿瘤学数据库，来源于超过1500多个癌症委员会认证的机构。NCDB数据库可用于分析和跟踪恶性肿瘤患者的治疗过程和结局。数据库代表了全美超过70%的新诊断癌症病例和超过三千四百万个历史记录。 02 SEER 网址：https://seer.cancer.gov/SEER(Surveillance, Epidemiology, and EndResults Program)是美国癌症统计的权威来源。SEER数据库可提供癌症统计信息，以减轻美国人口中的癌症负担。SEER数据库由美国国家癌症研究所(National Cancer Institute,NCI)癌症控制和人口科学部(Division of Cancer Control andPopulation Sciences, DCCPS)的监视研究项目(SurveillanceResearch Program, SRP)提供支持。03 TCGA 网址：https://cancergenome.nih.gov/美国癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)是由美国国家癌症研究所(National Cancer Institute, NCI)和国家人类基因组研究所(NationalHuman Genome Research Institute, NHGRI)合作开发的，目前它包含了33种癌症的数据，每种癌症都涉及关键基因组变化的全面、*的图谱。TCGA数据库储存有2.5PB的数据，对超过1.1万多名患者的肿瘤组织及配对正常组织进行描述，目前已被广泛应用于研究领域。这些数据已为研究人员进行的癌症研究或者TCGA研究网络出版物做出了超过1千多项的贡献。在TCGA中直接下载数据的方法较为繁琐，但是有多个网站提供TCGA数据(包括表达和临床等)完善的整理，以下是其中整理最为完整和可靠的：GDAC: http://gdac.broadi希望我的回答能够帮助到您，祝您好运！
