玩转KEGG(七)——ggkegg在通路图上可视差异基因数值属性
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发布时间：2024-09-15 07:11
共1个回答
热心网友
时间：2024-10-19 09:32
在《生信益站》的微信公众号上，站长分享了一篇关于ggkegg在KEGG通路图上可视差异基因数值属性的文章。通过ggkegg包，特别是allocate_deseq2函数，可以将DESeq2分析中的数值属性，如log2FoldChange，直观地体现在通路图的节点上。例如，研究者分析了BK多瘤病毒感染的人类尿路上皮细胞转录组变化，利用nf-core处理的原始序列数据，通过tximport、salmon和DESeq2进行深入分析。
首先，展示了log2FC的可视化结果，随后展示了调整后的p值。文章还介绍了ggfx这个实验阶段的包，它为ggplot2图形提供了丰富的定制选项，如过滤器和着色器。开发者利用geomtextpath添加log2FC信息，并使用Monocraft字体进行个性化展示。
如果你对这类内容感兴趣，可以关注《生信益站》的知乎同名微信公众号，或者加入QQ交流群7409124，获取更多生物信息学知识和分享。记住，生信益站，每天都有新的收获，明天见!
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时间：2024-10-19 09:30
在《生信益站》的微信公众号上，站长分享了一篇关于ggkegg在KEGG通路图上可视差异基因数值属性的文章。通过ggkegg包，特别是allocate_deseq2函数，可以将DESeq2分析中的数值属性，如log2FoldChange，直观地体现在通路图的节点上。例如，研究者分析了BK多瘤病毒感染的人类尿路上皮细胞转录组变化，利用nf-core处理的原始序列数据，通过tximport、salmon和DESeq2进行深入分析。
首先，展示了log2FC的可视化结果，随后展示了调整后的p值。文章还介绍了ggfx这个实验阶段的包，它为ggplot2图形提供了丰富的定制选项，如过滤器和着色器。开发者利用geomtextpath添加log2FC信息，并使用Monocraft字体进行个性化展示。
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