1、病毒病。苦瓜在被蓟马、蚜虫、等刺吸式携带病毒的害虫吸食后容易感染病毒病，病毒病的种类比较多，很多食材可以感染同一种不当，而且病毒还能以通过农事操作的枝叶摩擦传染。感染病毒病后苦瓜植株可能枯死。
防治方法：所以要注意这些虫类，主要使用啶虫脒类药剂加抗毒剂香菇多糖以及芸苔素内酯，一般一周用药一次，防治效果较好。
2、线虫病。线虫病危害多种食材，主要危害苦瓜的根系，它具有口针，能刺穿苦瓜的根系，然后让自己唾液进入根系，导致根系生瘤状物，生长不正常。根系瘤状物首先是白色，最后是黑色，导致根系完全丧失吸收能力，植株在没有水分和养分的情况下就会死苗。
防治方法：使用盈辉杀线剂或是淡紫拟青霉菌，也可以用阿维菌素与溴甲烷土壤消毒。
3、土传病害。土传病害也会造成苦瓜死苗，常见的有根腐病、枯萎病、疫霉病，枯萎病等，在结果期受害最重，幼苗极易死亡；枯萎病导致茎杆腐烂、维管束受损，会死苗；疫霉病会导致根腐烂，皮和木质部分离，水浸状，最终死苗；根腐病受害根系腐烂，留下维管束，上部枯死。
防治方法：各种病害的防治方法不一，要针对性防治，比如喷洒多菌灵风灭菌剂防治根腐病；灌淋50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液防治枯萎病；用72%克露可湿性粉剂500~800倍溶液防治疫霉病。
4、管理不当。土壤板结或者过于粘重，会严重影响到根系的生长发育，严重时缺氧窒息死亡，那么也会出现死苗现象。有时施肥播种，导致幼苗营养不良黄化死苗，或者是施肥浓度过高，离根较近也会死苗。
防治方法：要适时的中耕松土，破除土壤板结状况，施肥时要保持间距，幼苗对于肥料浓度较敏感，要降低施肥浓度。