第１４卷第２期 ２０１５年４月 现代农药 Ｍｏｄｅｍ Ａｇｒｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ ｖｏ１．１４ ＮＯ．２ Ａｐｒ．２０１５ 基于分子对接技术的农药敏感乙酰胆碱 酯酶的虚拟筛选 杨德秋，杨潇 ６１００３９） （西华大学生物工程学院，成都摘要：酶抑制法是最具前景的农药残留快速检测方法，但存在灵敏度和准确性方面的缺陷。新 酶源的发掘和研究是酶抑制法发展的关键。通过同源建模及分子对接技术，对不同物种的乙酰胆 碱酯酶与不同农药分子的敏感性进行了虚拟筛选，并分析了可能影响农药敏感性的关键氨基酸残 基，为农药残留检测用酶的选择以及采用定点突变技术对酶进行改造的可行性提供科学依据。 关键词：乙酰胆碱酯酶；农药；虚拟筛选；分子对接 中图分类号：ＴＱ ４５０．１ 文献标识码：Ａ ｄｏｉ：１０．３９６９０．ｉｓｓｎ．１６７１—５２８４．２０１５．０２．００５ Ｖｉｒｔｕａｌ Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ ｏｆ Ａｃｅｔ￣ｒｌｃｈｏｌｉｎｅｓｔｅｒａｓｅ Ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ ｔｏ Ｐｅｓｔｉｃｉｄｅｓ Ｂａｓｅｄ ｏｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｏｃｋｉｎｇ ＹＡＮＧ Ｄｅ—ｑｉｕ，ＹＡＮＧ Ｘｉａｏ （Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｓｃｈｏｏｌ，Ｘｉｈｕａ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｃｈｅｎｇｄｕ ６ １ ００３９，Ｃｈｉｎａ） Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｅｎｚｙｍｅ ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ ｍｅｔｈｏｄ ｉｓ ｔｈｅ ｍｏｓｔ ｐｒｏｍｉｓｉｎｇ ｏｆ ｒａｐｉｄ ｄｅｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ ｏｆ ｐｅｓｔｉｃｉｄｅ ｒｅｓｉｄｕｅｓ，ｂｕｔ ｗｉｔｈ ｄｅｆｅｃｔｉｖｅ ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ ａｎｄ ａｃｃｕｒａｃｙ．Ｔｈｅ ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ａｎｄ ｒｅｓｅａｒｃｈ ｏｆ ｎｅｗ ｅｎｚｙｍｅｓ ａｒｅ ｔｈｅ ｋｅｙ ｔｏ ｔｈｅ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ｅｎｚｙｍｅ ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ ｍｅｔｈｏｄ．Ｔｈｅ ｐａｐｅｒ ｆｉｎｉｓｈｅｄ ｔｈｅ ｖｉｒｔｕａｌ ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ ｏｆ ａｃｅｔ）ｒｌｃｈｏｌｉｎｅｓｔｅｒａｓｅ ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ ｔｏ ｐｅｓｔｉｃｉｄｅｓ ｆｒｏｍ ｄｉｆｅｒｅｎｔ ｓｐｅｃｉｅｓ，ａｎｄ ａｎａｌｙｚｅｄ ｔｈｅ ｃｒｉｔｉｃａｌ ａｍｉｎｏ ａｃｉｄ ｒｅｓｉｄｕｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ ｔｏ ｐｅｓｔｉｃｉｄｅｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ ａ ｎｅｗ ｓｔｒａｔｅｇｙ ｏｆ ｈｏｍｏｌｏｇｙ ｍｏｄｅｌｉｎｇ ａｎｄ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｄｏｃｋｉｎｇ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．Ｔｈｅ ｒｅｓｕｌｔ ｗｏｕｌｄ ｐｒｏｖｉｄｅ ｓｃｉｅｎｔｉｉｃ ｂａｓｉｆｓ ｆｏｒ ｃｈｏｏｓｉｎｇ ｔｈｅ ｅｎｚｙｍｅｓ ｉｎ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｐｅｓｔｉｃｉｄｅ ｒｅｓｉｄｕｅｓ ａｎｄ ｆｏｒ ｃａｒｒｙｉｎｇ ｏｕｔ ｍｏｌｅｃｕｌｅ ｒａｔｉｏｎａｌ ｄｅｓｉｇｎ ｏｆ ｎｏｖｅｌ ｔａｒｇｅｔ ｅｎｚｙｍｅｓ ｕｓｉｎｇ ｓｉｔｅ—ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ． Ｋｅｙ ｗｏｒｄｓ：ａｃｅｔｙｌｃｈｏｌｉｎｅｓｔｅｒａｓｅ；ｐｅｓｔｉｃｉｄｅ；ｖｉｒｔｕａｌ ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ；ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｄｏｃｋｉｎｇ 在世界各国先后禁止使用有机氯农药后，作为 杀虫剂的有机磷农药和氨基甲酸酯类农药成为世界 类农药残留快速检测最具前景的方法Ｌ２ Ｊ。 酶抑制法具有简便、快速，适合现场检测等优 点，但也存在检测灵敏度较差和准确性不高等缺 点，尽管可以通过传感器制备工艺和计算软件的优 化来提高检测的灵敏度和准确性，但最根本的途径 各国特别是我国主要农药品种，使用量大。有机磷 农药和氨基甲酸酯类农药是一类神经毒性物质，通 过抑制乙酰胆碱酯酶活性发挥杀虫作用或导致人畜 中毒。研究表明，在体外条件下，乙酰胆碱酯酶的 活性变化与有机磷或氨基甲酸酯类农药的浓度存在 良好的相关性，因此，测定农产品的农药残留提取 是从各种动植物中筛选或者采用基因工程技术创 造性能更优异的酶源。采用传统的实验方法研究新 酶源对各种农药的敏感性，或者对酶分子进行点突 变筛选新的突变子，涉及到生物材料的获得、酶的 提取分离、基因克隆、定点突变、蛋白表达等实验 过程，费时费力，成本昂贵，因此只适合小规模的 液对乙酰胆碱酯酶活性的影响即可判断有机磷或氨 基甲酸酯类农药的残留情况＿ｌ Ｊ。基于此原理发展起来 的酶抑制法是目前国内外有机磷农药和氨基甲酸酯 收稿日期： ２０１４—１０—２２：修回１３期：２０１４—１０—２９ 基金项目： 四川省省级大学生创新创业训练计划项目（２０１３１０６２３０３６） 作者简介： 杨德秋（１９９卜＇，女，黑龙江省七台河市人，本科。研究方向：食品安全技术 通讯作者： 杨潇（１９８１一），男，四川省天全县人，高级实验师，博士。研究方向：食品安全技术。Ｅ—ｍａｉｌ：ｙａｎｇｘｉａｏ１９８１０６２５＠１６３．ｃｏｒｎ １６ 现代农药 第１４卷第２期 处于不合理范围之内，但其远离活性位点，对后续 研究影响不大。 用比较分析，通过准确性较高的Ｍｏｌ Ｄｏｃｋ算法进 行打分［１６］，获得了９种农药分子与乙酰胆碱酯酶相 ２．２ 乙酰胆碱酯酶的分子对接 采用ＭＶＤ软件对９种有机磷和氨基甲酸酯农 药分子与３２个物种的乙酰胆碱酯酶进行了相互作 互作用的最佳Ｍｏｌ Ｄｏｃｋ分数（见表１）。其中，分 数值越低，表明该农药分子与乙酰胆碱酯酶作用的 能量越低，结合程度越高。 表１ 不同物种乙酰胆碱酯酶与不同农药分子对接结果 由表１可见，各物种的乙酰胆碱酯酶与不同农 碱酯酶结合越容易，这意味着同一物种的乙酰胆碱 酯酶对于不同种类的农药具有不同的敏感度。如果 蝇来源的乙酰胆碱酯酶对丁硫克百威最敏感，灰飞 药对接的Ｍｏｌ Ｄｏｃｋ分数具有相似趋势，如大多数 物种的乙酰胆碱酯酶与辛硫磷、对硫磷对接的分数 值较低，与甲胺磷、敌敌畏对接的分数值较高。这 反应了乙酰胆碱酯酶作为在神经信号传导过程中 发挥重要作用的酶，在各物种间具有较高的相似 性。同时，对于同一种农药与不同物种的乙酰胆碱 虱来源的乙酰胆碱酯酶对辛硫磷最敏感，小菜蛾来 源的乙酰胆碱酯酶对克百威最敏感。这一结果不仅 为在农业生产中针对不同的虫害选择更高效的农 药提供了参考，同时也为在乙酰胆碱酯酶抑制法检 测农药残留中选择灵敏度更高的优质新酶源提供 了依据。 酯酶对接的Ｍｏｌ Ｄｏｃｋ分数又具有较大的差异。由 于Ｍｏｌ Ｄｏｃｋ分数越低，表明该农药分子与乙酰胆 ２０１５年４月 杨德秋，等：基于分子对接技术的农药敏感乙酰胆碱酯酶的虚拟筛选 １７ ２．３ 乙酰胆碱酯酶与农药对接的活性中心 胆碱酯酶对某一农药或某一类农药结合的亲和力 乙酰胆碱酯酶的生物学活性是通过其活性中 和灵敏度。 心与底物的结合而发生的，而酶的活性中心则是由 本研究发现，不同物种与不同有机磷农药和氨 若干个氨基酸残基组成的三维空问区域。有机磷和 基甲酸酯农药结合的活性中心十分相似，均由１２～ 氨基甲酸酯农药作为乙酰胆碱酯酶的抑制剂，就是 ２０个氨基酸残基组成，尽管在不同物种中位置不同 通过与这些活性中心可逆或不可逆地结合后使其 但是氨基酸的种类却十分相似（见表２）。其中部分 丧失与底物的结合能力而抑制酶的活性。对于组成 氨基酸残基的ＭＤ分数值较大，如非洲疟蚊乙酰胆 这些活性中心的氨基酸残基的改造，会影响这些活 碱酯酶中的Ｉｌｅ４９１，蜜蜂中的Ｈｉｓ４８０，表明这些氨 性中心的三维结构进而改变活性中心对于底物的 基酸残基与农药的亲和力较低。因此，这类氨基酸 识别能力和结合能力。因此通过对这些组成农药结 残基将有可能成为在对乙酰胆碱酯酶农药敏感性 合活性中心的氨基酸残基的改造也可能提高乙酰 改进过程中进行定点突变的潜在位点。 表２部分物种乙酰胆碱酯酶与部分农药对接的氨基酸残基 Ａｌａｌ６４ ．７．１４８ Ａｓｎ８４ —０．９９３ Ａｓｎ８４ —０ ８９４ Ａｓｐ４８２ ３．７６１ Ａｌａｌ７６ ３．８５３ ＧＩｕ８０ —１．０２２ Ｇｌｕ８０ —０．４００ Ｇ１ｕ２３７ —０．４９９ Ａｓｎｌ６３ —６．４５０ Ｇ１ｕ２３７ ．７．２３８ Ｇｌｕ２３７ ６．３６４ Ｇ１ｕ３６７ 一ｌ ０７４ Ｇ１ｎ４９０ 一１．１０４ Ｇｌｕ３６７ —０ｌ３２１ Ｇｌｖ１４９ ．３．７３３ Ｇ１ｕ４８３ ．０．８２２ Ｇ１ｙ４８９ ０．３９４ Ｇｌｕ４８３ —０．４７３ Ｇｌｙｌ５０ ６ ８ｌ８ Ｇｌｖ１４９ ．—４．４４１ ｌｉｅ１４５ ０ ３２３ Ｇ１ｙ１４９ ．２．４３７ Ｇｌｖ１５ｌ ．０．３３０ Ｇｌｖ１５Ｏ ．９．４０６ ｌｉｅ１６ｌ —２．４０６ Ｇ１ｖ１５Ｏ —６．４ｌ６ Ｇ１ｖ４８１ ．１ １９３ Ｇｌｖ１５ｌ ０．９４８ Ｉｌｅ４８４ ．１．４３６ Ｇ１ｖ１５ｌ —１．９６６ Ｈｉｓ４８０ —５ ９３０ Ｇｌｖ１５５ ．２．２３３ Ｌｅｕ１４４ ．０．５７６ Ｇｌｖ１５５ —０．３９４ Ｉ１￣８４ —０．５４９ Ｇｌｖ４８１ ｌ６．９５３ 蜜蜂 Ｍｅｔｌ６７ ６．０５９ Ｇ１ｙ４８１ ９．７４９ Ｐｈｅ３７ｌ ．１．３２２ Ｈｉｓ４８０ ２１１．７５９ Ｐｈｅ２３５ —４ ３５２ Ｈｉｓ４８０ １２６ ２５５ Ｓｅｒ２３８ ，６．１１４ Ｉ１ｅ４８４ ．Ｏ．７ｌＯ Ｐｈｅ４８７ ２．１８４ Ｌｅｕ４７９ ３．３９５ ｎ１ｒ１５４ ５．１９３ Ｌｅａ４７９ ．５．７９６ Ｐｈｅ４８８ ２８２．７０３ Ｐｈｅ３３０ —０．８１９ ＴＩｐ８３ 一ｌ３．０２２ Ｐｈｅ３７１ ．２．５６０ Ｓｅｒｌ７７ ．３．７９０ Ｐｈｅ３７１ ．３．７６０ Ｔｗ７ｌ ．３．０６３ Ｐｈｅ４４０ —０．６２９ Ｔ ９９ ４ ８８６ Ｓｅｒ２３８ —２．６６３ Ｔ￣１４８ ．Ｏ．３１３ Ｓｅｒ２３８ ５．９６６ Ｔ￣１４６ ．１７．３０３ Ｔｈｒｌ５４ ２．７９１ Ｔｗ１６２ ．０．４０１ Ｓｅｒ２６４ ０．７８０ Ｔｗｌ６２ —７．０３８ Ｔｒｐ８３ １５．０４６ Ｔ￣３７０ ２Ｉ３１４ Ｔｈｒｌ５４ ．２ ７６７ Ｔｗ７１ ．３．Ｏ１１ Ｔ ８３ ．１６．１１５ Ｔｗ３７０ ．８．０９７ Ｔｗ１６２ ．０．９７０ ¨ ｐ ＿ 寸Ａｓｎ８５ Ａｓｐ７２ Ｇ１ｎ６９ —６．８８９ ５．７２５ ２．２６０ ４．２０３ Ａｌａ２０１ Ａｓｐ７２ Ｇｌｕｌ９９ Ｇ １１７ Ｇ１７１１８ ．．４．７８１ １．１７１ Ａｌａ２０ｌ Ｇｌｕｌ９９ ．１．３０７ ５．２２３ ５．６５４ ８．４８４ Ａｒｇ２８９ Ａｓｐ７２ Ｇｌｖ１１８ ＧＩｖｌ１９ Ｇ１７３３５ Ｈｉｓ４４０ Ｉｌｅ２８７ Ｌｅｕ３３２ Ｐｈｅ２８８ Ｐｈｅ２９０ Ｐｈｅ３３０ ．１．５９９ ．—．０ ７６６ ２．６８６ １．２２１ ．２．３４３ ３．１０４ １３．９０９ Ｇｌｙｌ１７ Ｇｌｙ１ｌ８ Ｇｌｙ１１９ Ｇ１＂／４４ｌ Ｈｉｓ４４０ Ｉｌｅ４４４ Ｐｈｅ２８８ ——Ｇ１７１ｌ７ Ｇｌｖｌ１８ Ｇｌｖ１２３ ＬｅｕＩ２７ ．．．．，５Ｉ２Ｉ９ ４４０１ ．４．４０９ １ ６２７ １３．１８３ ０．７８５ １ ３２８ ４．６４４ ４．２３３ ０．３３０ Ｇｌｖｌｌ９ Ｈｉｓ４４０ ．．５．９８７ —．１．０７５ ０ ４６６ １．０９５ １２．３０５ １０．０７１ ．Ｐｒｏ８６ ．Ｐｈｅ２８８ Ｐｈｅ２９０ Ｐｈｅ３３０ Ｐｈｅ３３１ Ｓｅｒｌ２２ Ｓｅｒ２Ｏ０ Ｔｒｐ８４ Ｔｒｐ２３３ Ｔｙｒ１２１ Ｔｙｒ３３４ ．—．２．４３２ ５ ４６０ ．人类 Ｓｅｒ８ｌ Ｓｅｒｌ２２ Ｓｅｒｌ２４ Ｔｒｐ８４ Ｔｖｒ７０ ．．．１．９５７ ５．１５５ ４．２ｌ２ ６．９４０ ．１５．３３０ １４．２２３ ２．０６３ —Ｐｈｅ２９０ Ｐｈｅ３３０ Ｐｈｅ３３ｌ ＳｅＴｌ２２ ．．—０．８２８ １９．１８４ ．１．６４９ ５．４１５ ２１．１８２ —Ｐｈｅ３３ｌ Ｓｅｒ２８６ Ｔｒｐ８４ ２８．７３１ ——４．４８３ ６．５１４ ０．４００ ０．３８５ ８ ８８７ Ｔｗｌ２１ Ｔｖｒ１３０ ．７．３６５ １．５９２ １．０６３ ．４．７６２ ４．４３２ Ｓｅｒ２００ Ｔｒｐ８４ Ｔｒｐ２３３ Ｔｗ１２１ —．．４．０９６ —．１７．４９５ ．Ｔｒｐ２７９ Ｔｗ１２１ ＴＷ３３４ 一０．３２８ Ｖａ１７１ ——８＿３７５ ３．０３０ —９．０２９ ｌ６．４１２ ８．７８９ １ ７９０ ３．１５１ Ｔｙｒｌ３０ ．注：丙氨酸（Ａｌａ）、缬氨酸（Ｖａ１）、亮氨酸（Ｌｅｕ）、异亮氨酸（Ｉｌｅ）、脯氨酸（Ｐｒｏ）、苯丙氨酸（Ｐｈｅ）、色氨酸（Ｔｒｐ）、甘氨酸（Ｇｌｙ）、丝氨酸（ｓｅｒ１、苏 氨酸（Ｔｈｒ）、酪氨酸（Ｔｙｒ）、天冬酰胺（Ａｓｎ）、谷氨酰胺（Ｇｌｎ）、精氨酸（Ａｒｇ）、组氨酸（Ｈｉｓ）、天冬氨酸（Ａｓｐ）、谷氨酸（Ｇｌｕ）。 参考文献 何绍志，李维，王雁，等．美洲蟑螂头部乙酰胆碱酯酶酶活性测定及 对５种常用农药的敏感性［Ｊ］．食品科学，２０１３，３４（２３）：１８４ １８８， ［９］Ｓｃｈｗｅｄｅ Ｔ，Ｋｏｐｐ Ｊ，Ｇｕｅｘ Ｎ，ｅｔ ａ１．ＳＷＩＳＳ—ＭＯＤＥＬ：Ａｎ Ａｕｔｏｍａｔｅｄ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｈｏｍｏｌｏｇｙ—ｍｏｄｅｌｉｎｇ Ｓｅｒｖｅｒ［ＪＪ．Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３ ３１（１３）：３３８ｌ一３３８５． ［１０］Ｇｕｅｘ Ｎ，Ｐｅｉｔｓｃｈ Ｍ Ｃ．ＳＷＩＳＳ－ＭＯＤＥＬ ａｎｄ ｔｈｅ Ｓｗｉｓｓ－Ｐｄｂ Ｖｉｅｗｅｒ：Ａｎ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ ｆｏｒ Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｍｏｄｅｌｉｎｇ［Ｊ］．Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ， １９９７，１８（１５）：２７１４—２７２３． 林春绵， 晓燕，张安平．酶抑制法快速检测有机磷农药残留的研 究进展Ⅲ浙江工业大学学报，２００９，３７（４）：３８６—３９１． Ｐｏｈａｎｋａ Ｍ，Ｍｕｓｉｌｅｋ Ｋ，Ｋｕｃａ Ｋ．Ｐｒｏｇｒｅｓｓ ｏｆ Ｂｉｏｓｅｎｓｏｒｓ Ｂａｓｅｄ ｏｎ Ｃｈｏｌｉｎｅｓｔｅｒａｓｅ Ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ［ＪＪ．Ｃｕｒｒ Ｍｅｄ Ｃｈｅｍ，２００９，１６（１４）：１７９０—１７９８． Ｃｈｅｕｎｇ Ｊ，Ｒｕｄｏｌｐｈ Ｍ Ｊ，Ｂｕｒｓｈｔｅｙｎ Ｆ，ｅｔ ａｌ Ｓｌｒｕｃｔｕｒｅｓ ｏｆＨｕｍａｎ Ａｃｅ． ［１ １］Ｌｉ Ｚ Ｊ，Ｗａｎ Ｈ Ｇ，Ｓｈｉ Ｙ Ｈ，ｅｔ ａ１．Ｐｅｒｓｏｎａｌ Ｅｘｐｅｒｉｅｎｃｅ ｗｉｔｈ Ｆｏｕｒ Ｋｉｎｄｓ ｏｆ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ Ｄｒａｗｉｎｇ Ｓｏｆｔｗａｒｅ：Ｒｅｖｉｅｗ ｏｎ ＣｈｅｍＤｒａｗ， ｔｙｌｃｈｏｌｉｎｅｓｔｅｒａｓｅ ｉｎ Ｃｏｍｐｌｅｘ ｗｉｔｈ Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌｌｙ Ｉｍｐｏｒｔａｎｔ Ｌｉｇａｎｄｓ ＣｈｅｍＷｉｎｄｏｗ，ＩＳＩＳ／Ｄｒａｗ，ａｎｄ ＣｈｅｍＳｋｅｔｃｈ［Ｊ］＿Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，２００４，４４（５）：１８８６—１ ８９０ ［Ｊ１．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆＭｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓ￣３，，２０１２，５５（２２）：１０２８２—１０２８６． Ｂｏｕｒｎｅ Ｙ，Ｔａｙｌｏｒ Ｐ，Ｂｏｕｇｉｓ Ｐ Ｅ，ｅｔ ａ１．Ｃｒｙｓｔａｌ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ Ｍｏｕｓｅ Ａｃｅｔｙｌｃｈｏｌｉｎｅｓｔｅｒａｓｅ Ａ Ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ Ｓｉｔｅ－ｏｃｃｌｕｄｉｎｇ Ｌｏｏｐ ｉｎ ａ Ｔｅｔｒａ— ［１２】Ｏ’Ｂｏｙｌｅ Ｎ Ｍ，Ｂａｎｃｋ Ｍ，Ｊａｍｅｓ Ｃ Ａ，ｅｔ ａ１．Ｏｐｅｎ Ｂａｂｅｌ：Ａｎ Ｏｐｅｎ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｔｏｏｌｂｏｘ［Ｊ］．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆＣｈｅｍｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２０１ １，３（１）：１—１４． ［１３］Ｔｈｏｍｓｅｎ Ｒ，Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎ Ｍ Ｈ．ＭｏｌＤｏｅｋ：Ａ Ｎｅｗ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅ ｆｏｒ ｍｅｒｉｃ Ａｓｓｅｍｂｌｙ ｆＪ］．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，１ ９９９，２７４（５）： ２９６３—２９７０ Ｒａｖｅｓ Ｍ Ｌ，Ｈａｒｅｌ Ｍ，Ｐａｎｇ Ｙ Ｐ，ｅｔ ａ１．Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ Ａｃｅｔｙｌｃｈｏｌｉｎｅ— Ｈｉｇｈ—ａｃｃｕｒａｃｙ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｏｃｋｉｎｇ［Ｊ】ｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００６，４９（１１）：３３ １５—３３２１． ｓｔｅｒａｓｅ Ｃｏｍｐｌｅｘｅｄ ｗｉｔｈ ｔｈｅ Ｎｏｏｔｒｏｐｉｃ Ａｌｋａｌｏｉｄ，（一）－Ｈｕｐｅｒｚｉｎｅ Ａ［Ｊ】． Ｎａｔｕｒｅ Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ，１９９７，４（１）：５７～６３． Ｈａｒｅｌ Ｍ，Ｋｒｙｇｅｒ Ｇ，Ｒｏｓｅｎｂｅｒｒｙ Ｔ Ｌ，ｅｔ ａ１．Ｔｈｒｅｅ－ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ ｏｆ Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ Ａｃｅｔｙｌｃｈｏｌｉｎｅｓｔｅｒａｓｅ ａｎｄ ｏｆ Ｉｔｓ ［１４】Ｂｅｎｋｅｒｔ Ｐ，Ｂｉａｓｉｎｉ Ｍ，Ｓｃｈｗｅｄｅ Ｔ．Ｔｏｗａｒｄ ｔｈｅ Ｅｓｔｉｍａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ Ａｂｓｏｌｕｔｅ Ｑｕａｌｉｔｙ ｏｆ Ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ Ｍｏｄｅｌｓ［Ｊ］． Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２０１ １，２７（３）：３４３—３５０． ［１ ５】Ｗａｓｈｂｏｕｍｅ Ｊ Ｋ，Ｒｅｃｔｏｒ ＩＩｌ Ｊ Ｗ，Ｂｕｂｅ Ｋ Ｐ．Ｍｕｌｔｉ—ｃｒｏｓｓｗｅｌｌ Ｐｒｏｆｉｌｅ ３Ｄ Ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ ｗｉｔｈ Ｔｗｏ Ｐｏｔｅｎｔ Ｉｈｉｎｂｉｔｏｒｓ［Ｊ］．Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｃｉｅｎｃｅ，２０００，９ ｒ６１：１０６３—１０７２． Ａｒｎｏｌｄ Ｋ，Ｂｏｒｄｏｌｉ Ｌ，Ｋｏｐｐ Ｊ，ｅｔ ａ１．Ｔｈｅ ＳＷＩＳＳ—ＭＯＤＥＬ Ｗｏｒｋｓｐａｅｅ： Ａ Ｗｅｂ—ｂａｓｅｄ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ ｆｏｒ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ Ｈｏｍｏｌｏｇｙ Ｍｏｄｅｌｌｉｎｇ Ｉｍａｇｉｎｇ ａｎｄ Ｍｅｔｈｏｄ：ＵＳ，６３８８９４７［Ｐ］．２００２—０５—１４． ［１６］Ｋｏｎｔｏｙｉｎｎｉａ Ｍ，ＭｃＣｌｅｌｌａｎ Ｌ Ｍ，Ｓｏｋｏｌ Ｇ Ｓ．Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ Ｄｏｃｋｉｎｇ Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ：Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ Ｄａｔａ ｏｎ Ｄｏｃｋｉｎｇ Ａｌｇｏｒｉｔｈｍｓ［Ｊ］．Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆＭｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００４，４７（３）：５５８—５６５． 嘲．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２００６，２２（２）：１９５—２０１ （责任编辑：顾株玲）